Katedra Inżynierii Wodnej została utworzona w 2011 roku. W latach 2000 – 2010 jednostka funkcjonowała pod nazwą Katedra Inżynierii Wodnej i Rekultywacji Środowiska, którą ustanowiono przez połączenie Katedry Budownictwa Wodnego i Katedry Re­kultywacji Środowiska Przyrodniczego.

Katedra Budownictwa Wodnego utworzona została w 1947 r. w ramach Sek­cji Melioracyjnej Wydziału Rolnego SGGW. W roku 1954 w Katedrze powoła­no trzy Zakłady: Hydrologii i Regulacji Rzek, Hydrauliki i Budowli Wodnych oraz Zaopatrzenia w Wodę i Kanalizacji Osiedli Wiejskich. W związku z utwo­rzeniem w 1970 roku Instytutów, Katedra Budownictwa Wodnego została podzielona na: Zakład Hydrologii i Regulacji Rzek, który wszedł w skład Insty­tutu Melioracji Rolnych i Leśnych, a pozostałe Zakłady zostały włączone do In­stytutu Budownictwa Melioracyjnego i Rolniczego. W ramach reorganizacji Wy­działu Melioracji Wodnych dokonanej w roku 1978 powołano Instytut Meliora­cji i Gospodarki Wodnej, tworząc w nim Zakład Gospodarki Wodnej przez po­łączenie Zakładu Hydrologii i Regulacji Rzek z Zakładem Hydrauliki i Budow­li Wodnych. Kolejna reorganizacja Wydziału w roku 1981 przyniosła reaktywo­wanie Katedry, lecz bez dawnego Zakładu Zaopatrzenia w Wodę i Kanalizacji Osiedli Wiejskich, który wszedł w skład samodzielnej jednostki wydziałowej: Zakładu Zaopatrzenia Wsi w Wodę i Hydrogeologii. Pierwszym kierownikiem Katedry Budownictwa Wodnego był jej twórca — prof. Kazimierz Dębski. Po jego przejściu na emeryturę Katedrą kierowali kolejno profesorowie: Bolesław Kłosiewicz, Jan Skibiński, zaś po reaktywowaniu Katedry profesorowie: Tade­usz Kiciński i Andrzej Byczkowski.

Katedra Rekultywacji Środowiska Przyrodniczego była kontynuatorką dwóch Katedr: Katedry Torfoznawstwa utworzonej w roku 1948, w której funk­cje kierownika pełnili kolejno profesorowie: Aleksander Maksimow i Stefan Liwski oraz Katedry Meteorologii i Klimatologii powołanej w roku 1930, którą kierowali profesorowie: Kazimierz Szulc, Romuald Gumiński, Władysław Par­czewski i Czesław Radomski. Po reorganizacji w roku 1970 obie Katedry razem z Katedrą Przyrodniczych Podstaw Melioracji tworzyły Instytut Przyrodniczych Podstaw Melioracji. Wraz z przywróceniem na Wydziale Melioracji Wodnych Katedr w roku 1981 utworzono Katedrę Rekultywacji Środowiska Przyrodniczego. Funkcję kierownika Katedry po jej reaktywacji pełnił profesor Franciszek Maciak.